Příloha 3
Postup identifikace mikrobiologické kontaminace prostředí
Informace pro uživatele
Tento dokument tvoří přílohu k dokumentu Metodika vytvoření trvale udržitelného prostředí pro uložení tradičních oděvních součástek v depozitářích.
Příloha byla vytvořena pro potřeby sledování mikrobiálního znečištění v pracovním prostředí, ve kterém dochází k uložení nebo k manipulaci s muzejními exponáty. Jejím cílem je vytvořit nástroj pro měření mikrobiální kontaminace jak v pracovním prostředí, tak na exponátech samotných. Využívání popsaných postupů umožní sledovat a snižovat znečištění s cílem ochránit jak exponáty, tak zdraví pracovníků.
Tematicky je zaměřena zejména na pracovní prostředí, depozitáře, výstavní prostory, ve kterých dochází ke konzervování-restaurování.
Souvisící normy a technické specifikace
ČSN ISO 4833 Mikrobiologie. Všeobecné pokyny pro stanovení celkového počtu mikroorganismů
ČSN ISO 7954 Mikrobiologie. Všeobecné pokyny pro stanovení celkového počtu plísní a kvasinek
Souvisící právní předpisy
Vyhláška Ministerstva zdravotnictví č. 6/2003 Sb., kterou se stanoví hygienické limity chemických, fyzikálních a biologických ukazatelů pro vnitřní prostředí pobytových místností některých staveb
Vypracovali
Zpracovatel: Textilní zkušební ústav, s.p., Brno, IČO: 000113251, Centrum technické normalizace,
Mgr. Markéta Hrubanová, Mgr. Hana Polášková, Ing. Petr Nasadil
Obsah
2.1...... CFU, KTJ.
3......... Metodika odběru vzorků.
3.1...... Základní typy pracovišť
3.1.1.. Pracovna - kancelář
3.1.2.. Pracoviště konzervování-restaurování
3.1.3.. Depozitář
3.1.4.. Výstavní síň.
3.2...... Technika odběru vzorků.
3.2.1.. Otisk.
3.2.2.. Stěr.
3.2.3.. Odběr vzduchu.
3.3...... Uložení vzorků po odběru.
4......... Příprava a vyhodnocení vzorků.
4.1...... Otisky.
4.2...... Stěry.
4.3...... Odběr vzduchu.
5......... Výpočet a vyjádření výsledků.
5.1...... Otisky.
5.2...... Stěry.
5.3...... Odběr vzduchu.
7......... Protokol o zkoušce.
8......... Příloha A (normativní)
9......... Příloha B (informativní)
10....... Příloha C (informativní)
1. Předmět
Tato část metodiky vznikla především pro účely kontroly mikrobiálního znečištění prostředí z pohledu textilních exponátů (zejména historických oděvů, oděvních doplňků, bytových textilií apod.). Je ale je všeobecně uplatnitelná v širším měřítku a může být všeobecně využita např. ke kontrole hygienické čistoty prostředí restaurátorských dílen apod.
Mikrobiální kontaminace prostředí, ve kterém dochází k manipulaci s exponáty (pracovny, depozitáře apod.), resp. kontaminace exponátů samotných, zvyšuje riziko jejich nenávratného poškození. Exponáty jsou obvykle z přírodních materiálů, které v nevhodných podmínkách mohou být napadány bakteriemi a plísněmi. Důležitá je bezprašnost a optimální vlhkost, neboť je známo, že mikroorganismy jsou nejčastěji prostředím přenášeny na prachových částicích. Z tohoto důvodu je potřeba udržovat jak pracovní prostředí, tak depozitáře v čistotě a preventivně kontrolovat čistotu prostředí odběrem kontrolních vzorků.
Tento dokument popisuje metodiku a zkušební postupy, které mají být použity při stanovování mikrobiální kontaminace v prostředí muzeí a při ověřování kontaminace samotných exponátů.
2. Termíny a definice
2.1 CFU, KTJ
Colony forming units, kolonie tvořící jednotky
3. Metodika odběru vzorků
Je důležité, aby odebrané vzorky byly reprezentativní a odrážely tak skutečné mikrobiologické poměry v místě odběru. Pro lepší představu o tom, jak jsou exponáty okolním prostředním ovlivňovány, je vhodné vytipovat více menších oblastí a zde pak provést odběry vždy v jednom místě (pokud je to možné):
a)stanovení mikrobiální kontaminace exponátu (stěr)
b)mikrobiologické otisky z povrchů předmětů, které přicházejí do kontaktu s exponáty
c)mikrobiologickou kontrolu prostředí, ve kterých se exponáty zdržují po delší dobu (depozitáře, výstavní síně, skanzeny atp.)
d)mikrobiologickou kontrolu vzdušné kontaminace
Prakticky je tedy vhodné provádět odběry v místě, které reprezentuje určitou oblast nebo prostředí. Rozhodnutí kde a jak odebrat vzorky by mělo zohlednit vždy konkrétní podmínky konkrétního pracoviště. Doporučuje se provést kontrolu v níže popsaných oblastech.
Poznámka: odběr vzorků by měl provádět pracovník znalý problematiky
3.1 Základní typy pracovišť
Pokud se s exponáty pracuje také v pracovnách zaměstnanců, doporučuje se provést odběr vzorku z ovzduší uprostřed místnosti a otisky z pracovních ploch, které přicházejí do styku s exponátem.
3.1.2 Pracoviště konzervování-restaurování
Provede se odběr vzorku z ovzduší uprostřed místnosti, a pokud je instalována vzduchotechnika tak i přímo v místě výduchu (ověření čistoty vzduchu vpouštěného do prostoru dílny). Odběry vzduchu je vhodné provést např. i v mokrém prostoru nebo příručním skladu.
Je vhodné provést otisky z ploch, na kterých se exponáty odkládají nebo kde dochází k jejich zpracování. Pokud jsou zde některé exponáty delší dobu (alespoň 2 týdny a více) pak je vhodné provést stěr i z těchto exponátů.
3.1.3 Depozitář
Provede se odběr vzorku z ovzduší uprostřed místnosti, a pokud je instalována vzduchotechnika tak i přímo v místě výduchu (ověření čistoty vzduchu vpouštěného do prostoru depozitáře)
Provede se otisk z vnitřního prostoru skříní – ze stěny a současně stěr z náhodně vybraného exponátu uvnitř skříně. Otisk by měl zohlednit vnitřní prostor, ne aktuální znečištění tj. neprovádí se otisky „z podlahy“, která může být zaprášená.
3.1.4 Ostatní prostory
Například badatelna, prostor pro dokumentaci (externí fotoateliér apod.). I zde lze doporučit odběr vzorku z ovzduší a otisky z pracovních ploch, se kterými přicházejí exponáty do styku.
3.1.5 Výstavní síň
Doporučuje se provést odběr vzorku z ovzduší uprostřed místnosti a otisky z pracovních ploch, které přicházejí do styku s exponátem. Pokud je instalována vzduchotechnika pak je vhodné provést odběr vzorku z ovzduší přímo v místě výduchu (ověření čistoty vzduchu vpouštěného do prostoru).
3.2 Technika odběru vzorků
3.2.1 Otisk
Odběr vzorků otiskem je prováděn na laboratorně vyrobené plotny podle čl. A. 2, nebo na plotny komerčně dodávané. Sterilní plotna se otevře a pevně přitiskne na zkoušený povrch na dobu přibližně 3 sekundy. Poté se ihned zavře a uloží k další analýze.
3.2.2 Stěr
Sterilní stěrový tampón se namočí do sterilní tekuté půdy ve zkumavce a za stálého otáčení se jím stírá plocha předmětu na sebe kolmými tahy. Stěr je prováděn z plochy 10x10 cm nebo z celého menšího předmětu. Poté se tampon zalomí tak, aby jeho stírací část spadla do tekuté půdy ve zkumavce, zkumavka se ihned zavře a uloží k další analýze.
3.2.3 Odběr vzduchu
Do zařízení sloužícímu k odběru vzduchu se upevní Petriho miska s agarem. Zařízení se nastaví na průtok vzduchu 100 l za minutu po dobu 5 minut. Celkový odebraný objem vzduchu je tedy 500 litrů. Po ukončení odběru se miska vyjme, ihned se uzavře a uloží k další analýze. Vrchní víko přístroje se před každým odběrem vždy vydesinfikuje.
3.3 Uložení vzorků po odběru
Otiskové plotny a zkumavky s tekutou půdou se musejí uchovávat v chladu při teplotě 4 °C. K tomuto účelu je vhodné využít přenosné chladící zařízení (např. autolednička). Vzorky je nutné nejpozději 6 h po odběru dopravit do mikrobiologické laboratoře k dalšímu zpracování a vyhodnocení výsledků. Během jejich přepravy nesmí dojít k jakémukoliv poškození vzorku, které by mohlo vést ke zkreslení výsledků.
4. Příprava a vyhodnocení vzorků
Vyhodnocení vzorků provede mikrobiologická laboratoř s odpovídajícím vybavením potřebným ke kultivaci mikroorganizmů a k jejich následné identifikaci.
4.1 Otisky
Plotny se v laboratoři umístí dnem vzhůru do termostatu nastaveného na 37 °C na dobu 48 hodin. Po 48 hodinách jsou zachycená agens dále dourčována například za použití biochemických konfirmačních testů.
4.2 Stěry
Zkumavky se stěry se umístí do termostatu nastaveného na 37 °C na dobu 24 hodin. Po 24 hodinách následuje kultivace zachycených agens na speciálních půdách a druhová diagnostika.
4.3 Odběr vzduchu
Plotny se v laboratoři umístí dnem vzhůru do termostatu nastaveného na 37 °C na dobu 48 hodin. Po 48 hodinách jsou zachycená agens dále dourčována například za použití biochemických konfirmačních testů.
.
5 Výpočet a vyjádření výsledků
5.1 Otisky
Vyhodnocení se provádí bakteriologickými postupy umožňujícími stanovit počet CFU na ploše 10 cm2. Vyhodnotí se množství a patogenita zjištěných mikroorganizmů a jejich možný vliv na exponáty a zdraví pracovníků.
5.2 Stěry
Výsledné nálezy nejsou kvantifikovány, ale označeny pouze rodovým, případně druhovým názvem. Vyhodnotí se patogenita zjištěných mikroorganizmů a jejich možný vliv na exponáty a zdraví pracovníků.
5.3 Odběr vzduchu
Zjištěné hodnoty jsou přepočteny na CFU/m³ vzduchu. Za vyhovující se považují vzorky s počtem menším než 500 CFU/m³.
6 Sanační zásah
V případě zjištění nevyhovujícího stavu je třeba zjistit jeho příčinu resp. zdroj kontaminace. Jednou z příčin může být příliš vysoká prašnost v prostředí v okamžiku měření, vliv klimatických podmínek, nebo zanesené filtry vnitřní klimatizace (vzduchotechnika). Situaci lze řešit formou speciálních filtrů nebo nátěrů a antibakteriálních povrchů ve vnitřních částech vzduchotechniky. Doporučovány jsou pravidelné kontroly výduchu vzduchu v intervalu alespoň 1x ročně ve smyslu Vyhlášky 6/2003 Sb.
Z hlediska výskytu mikroorganizmů v prostředí lze za významné označit také teplotu a vlhkost. Zvýšená vlhkost bude v dlouhodobém horizontu podporovat růst mikroskopických hub (plísní) přímo na exponátech. Z tohoto pohledu je funkce dobře fungující vzduchotechniky velmi významná. Exponáty (oděvy) by měly být uloženy v podmínkách blízkých 20 °C a vzdušné vlhkosti 40-60 % RH, viz kapitola 3. Teplota a vlhkost
Posouzen by měl být i stav uložených exponátů (vyhodnocení otisků a stěrů). Po odstranění příčiny je vhodné měření následně zopakovat.
Překračující (nadlimitní) hodnoty by mohly v dlouhodobém horizontu negativně působit na zdraví pracovníků depozitáře a potenciálně mohou představovat zvýšené riziko i pro uložené exponáty.
7 Protokol o zkoušce
Protokol o zkoušce musí specifikovat:
- odkaz na tento postup
- všechny informace potřebné k identifikaci místa odběru
- použitou metodiku vzorkování
- použité inkubační teploty
- všechny podrobnosti o pracovním postupu, které zde nejsou specifikovány, které jsou považovány za volitelné a dále všechny události, které mohly mít vliv na výsledky zkoušení
- datum zkoušky (datum ukončení zkoušky)
- jméno a podpis osoby odpovědné za provedení zkoušky
8 Příloha A (normativní)
A. 1 Zkušební zařízení
Obvyklé vybavení mikrobiologické laboratoře a dále následující.
Přístroj ke sterilizaci horkým vzduchem (sušárna) nebo parou (autokláv).
Inkubátory s teplotou udržovanou v rozmezí 22 °C až 37 °C.
Vodní lázeň nebo podobné zařízení schopné udržovat teplotu mezi 44 °C a 47 °C.
Nádoby, zkumavky, baňky či lahve, vhodné pro sterilizaci a uchování kultivačních půd a odběr vzorků.
Petriho misky, skleněné nebo plastové o průměru 65 mm a 90 mm.
Kličky (o průměru asi 3 mm), očkovací jehly platino-iridiové nebo nikl-chromové a skleněné tyčinky, nebo ekvivalentní sterilní kličky či očkovací jehly na jednorázové použití.
Pipety kalibrované na úplný výtok, mechanické pipety s fixním a variabilním objemem; špičky pro pipety
pH metr
Jednorázové sterilní stěrové tampóny
Zařízení pro odběr vzduchu schopné aktivně odebírat okolní vzduch při průtoku vzduchu 100 l za minutu po dobu 5 minut.
A. 2 Kultivační půdy a reagencie
A. 2.1 Krevní Agar
A. 2.1.1 Složení
Pepton 15,0 g
Extrakt z jater 2,5 g
Kvasničný extrakt 5,0 g
Chlorid sodný 5,0 g
Agar 13,0 g
Voda 1000 ml
A. 2.1.2 Příprava
Složky, nebo kompletní sušená půda se rozpustí ve vodě, je-li třeba zahříváním.
Kultivační půda se sterilizuje v autoklávu při 121 °C po dobu 15 minut.
A. 2.1.3 Příprava agarových ploten
Kultivační půda rozehřátá a ochlazená na (45±2) °C. K základu se přidá 5 – 7 % defibrinované ovčí krve, agar se promíchá a bezprostředně se rozlévá do sterilních Petriho misek a nechá se ztuhnout.
A. 2.2 Tryptonová voda
A. 2.2.1 Složení
K 10 g komerčně dodávaného sušeného média (např. AES Laboratoire) se přidá 1000 ml destilované vody.
A. 2.2.2 Příprava
Kompletní sušená půda se rozpustí ve vodě za varu.
Tryptonovou vodou se naplní zkumavky, které se pak sterilizují v autoklávu při 121 °C po dobu 15 minut.
A. 2.3 Mc Conkey agar
A. 2.3.1 Složení
Pepton 20,0 g
Laktóza 10,0 g
Žlučové soli 1,5 g
Chlorid sodný 5,0 g
Neutrální červeň 0,03 g
Krystalová violeť 0,001 g
Agar 13,50 g
Voda 1000 ml
A. 2.3.2 Příprava
Složky, nebo kompletní sušená půda se rozpustí ve vodě, je-li třeba zahříváním.
Pokud je potřeba, upraví se pH tak, aby po uvaření jeho hodnota činila 7,1±0,2 při 25 °C.
Kultivační půda se sterilizuje v autoklávu při 121 °C po dobu 15 minut.
A. 2.3.3 Příprava agarových ploten
Kultivační půda rozehřátá a ochlazená na (45±2) °C se rozlévá do sterilních Petriho misek a nechá se ztuhnout.
A. 2.4 Sabouradův agar
A. 2.4.1 Složení
Enzymaticky natrávený kasein 5,0 g
Enzymaticky natrávené živočišné tkáně 5,0 g
Glukóza 40,0 g
Agar 15,0 g
Voda 1000 ml
A. 2.4.2 Příprava
Složky, nebo kompletní sušená půda se rozpustí ve vodě, je-li třeba zahříváním.
Pokud je potřeba, upraví se pH tak, aby po uvaření jeho hodnota činila 5,6±0,2 při 25°C.
Kultivační půda se sterilizuje v autoklávu při 121°C po dobu 15 minut.
A. 2.4.3 Příprava agarových ploten
Kultivační půda rozehřátá a ochlazená na (45±2) °C se rozlévá do sterilních Petriho misek a nechá se ztuhnout.
A. 2.5 PCA agar
A. 2.5.1 Složení
Pepton 5,0 g
Extrakt z jater 2,5 g
Glukóza 1,0 g
Agar 15,0 g
Voda 1000 ml
A. 2.5.2 Příprava
Složky, nebo kompletní sušená půda se rozpustí ve vodě, je-li třeba zahříváním.
Pokud je potřeba, upraví se pH tak, aby po uvaření jeho hodnota činila 7,0±0,2 při 25 °C.
Kultivační půda se sterilizuje v autoklávu při 121 °C po dobu 15 minut.
4.5.3 Příprava agarových ploten
Kultivační půda rozehřátá a ochlazená na (45±2) °C se rozlévá do sterilních Petriho misek a nechá se ztuhnout.
9 Příloha B (informativní)
Příklady uvádění výsledků v protokolu o zkoušce
Výsledky - otisky a stěry:
označení vzorku |
místo odběru |
způsob odběru |
Mikrobiologický nález – CFU/10cm2 |
XXX |
xxxx |
S |
negativní |
XXX |
xxxx |
O |
Staphylococcus epidermidis 2 CFU |
XXX |
xxxx |
S |
Bacillus sp. |
XXX |
xxxx |
O |
negativní |
XXX |
xxxx |
O |
Staphylococcus epidermidis 2 CFU |
XXX |
xxxx |
O |
Bacillus sp. |
XXX |
xxxx |
O |
negativní |
XXX |
xxxx |
O |
Staphylococcus epidermidis 2 CFU |
XXX |
xxxx |
O |
Bacillus sp. |
XXX |
xxxx |
O |
negativní |
XXX |
xxxx |
S |
Staphylococcus epidermidis 2 CFU |
XXX |
xxxx |
O |
Bacillus sp. |
S (stěr); O (otisk)
negativní: bakterie neprokázány použitou metodikou
Výsledky - měření vzdušné kontaminace:
označení vzorku |
místo odběru |
Průtok (l) |
Typ půdy |
Mikrobiologický nález |
Počet CFU |
CFU/m3 |
XXX |
pracovna č.xx |
XXX |
XX |
Bacillus sp. Staphylococcus epidermidis |
2 6
|
16
|
10 Příloha C (informativní)
Příklady konkrétních mikroorganizmů, zachycených v prostředí pracoven, konzervátorských dílen a depozitářů - vyhodnocení nálezů z hlediska nebezpečnosti nalezených mikroorganizmů
- Stěry a otisky
Nalezené nepatogenní kmeny:
Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus hominis, Staphylococcus intermedius- grampozitivní koky, velmi často izolované z lidské kůže, jsou považovány za nepatogenní (součást přirozené kožní flóry)
Micrococcus sp. - mikrokoky jsou považovány za nepatogenní bakterie, zcela přirozeně se vyskytují na kůži savců, sekundárně se pak dají najít v potravinách, půdě a vodě
Bacillus sp. - tento rod tvoří grampozitivní sporulující tyčky, jehož příslušníci patří k běžně se vyskytujícím druhům v přírodě; většina druhů je nepatogenních
vzdušná flóra - tvoří skupinu nepatogenních bakterií, která se běžně vyskytuje ve vzduchu
Nalezené příležitostné patogeny a patogeny:
Klebsiella ozaneae - patří do skupiny nepohyblivých gramnegativních tyčinek; vyskytují se v zažívacím traktu, dýchacích cestách, v půdě a vodě; jsou považovány za podmíněné patogeny a onemocnění způsobují zejména u imunokomprimovaných jedinců
Pseudomonas aeruginosa - patří mezi gramnegativní aerobní tyčky; nejčastěji se vyskytuje v odpadních vodách, půdách; řadí se mezi příležitostné patogeny, neboť ohroženi jsou spíše novorozenci a imunodeficientní pacienti, u zdravého člověka dochází ke kolonizaci, ale nedojde k rozvoji onemocnění
Candida albicans, Candida crusei - řadí se mezi mikroskopické houby - kvasinky; jsou nejčastějšími původci povrchových i systémových mykóz; jsou považovány za patogenní druhy, neboť mají vlastnosti, které umožňují být úspěšným komenzálem i u zdravého hostitele; často se mohou vyskytovat jako kontaminanty potravin
Enterococcus faecium - patří do skupiny grampozitivních koků; jsou součástí normální flóry v tlustém střevě a výjimečně se nacházejí také v horních cestách dýchacích; řadí se mezi závažné podmíněné patogeny
Citrobacter freundi, Citrobacter braakii - patří mezi gramnegativní tyčky; vyskytují se v půdě, ve vodě a ve střevním traktu lidí a zvířat; pro člověka je patogenní pouze C. freundii, který je podobný salmonelám
Proteus mirabilis - patří do skupiny gramnegativních tyček; zajímavou vlastností je schopnost rozkladu organické hmoty např. v odpadcích, vyskytuje se dále v půdě a na rostlinách; je považován za podmíněný patogen - způsobuje infekce močových cest
Enterobacter sp. - je skupina pohyblivých gramnegativních tyček, které se vyskytují v půdě, vodě a někdy také v zažívacím traktu; jsou považovány za příležitostné patogeny, neboť ojediněle mohou způsobit infekci močových cest
Streptococcus sp. - tvoří skupinu grampozitivních koků; většina druhů v rodu je považována za příležitostné patogeny; jsou součástí přirozené flóry v dutině ústní, horních cestách dýchacích a jsou přítomny v zažívacím traktu
Yokenella regensburgei - gramnegativní tyčka, často izolovaná z hmyzu; podmíněný patogen
Aloicoccus otilis - grampozitivní kok, potenciální patogen
Hafnia alvei - gramnegativní tyčka, izolována nejčastěji z půdy a vody
Moraxella caprae - je gramnegativní tyčka s nízkou patogenitou
Penicillium sp. - skupina mikroskopických hub, které se vyskytují na povrchu živých i odumřelých organismů; jsou velmi obvyklými saprofyty rozšířenými po celém světě; jejich ubikvitární rozšíření jim umožnilo adaptaci na jakékoliv substráty; za patogenní jsou považovány jen některé druhy
Sphingobacterium piscium - gramnegativní tyčka, potencionální patogenní bakterie
Streptococcus sanguinis - grampozitivní kok; komensál sliznic, součást normální flóry dutiny ústní, horních cest dýchacích; jde o podmíněně patogenní druh
- Aeroskopické nálezy
Nepatogenní kmeny:
Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus simulans, Staphylococcus hominis, Staphylococcus xylosus - grampozitivní koky, velmi často izolované z lidské kůže, jsou považovány za nepatogenní (součást přirozené kožní flóry)
Micrococcus sp. - mikrokoky jsou považovány za nepatogenní bakterie, zcela přirozeně se vyskytují na kůži savců, sekundárně se pak dají najít v potravinách, půdě a vodě
Bacillus sp. tento rod tvoří grampozitivní sporulující tyčky, jehož příslušníci patří k běžně se vyskytujícím druhům v přírodě; většina druhů je nepatogenních
vzdušná flóra - tvoří skupinu nepatogenních bakterií, která se běžně vyskytuje ve vzduchu
Lactococcus lactis - grampozitivní tyčka, nejčastěji izolována z mléčných produktů a produktů rostlinného původu
Acinetobacter baumanii - gramnegativní tyčka; v přírodě velmi rozšířen, nejčastěji izolován z vody, půdy, potravin a lidí
Alcaligenes faecalis - gramnegativní drobné tyčky, často izolované z půdy, vody; součást lidské kožní flóry; pro člověka nepatogenní kmen
Kocuria varians, Kocuria rosea - patří mezi mikrokoky, často se vyskytují ve vodě, v půdě a prachu; nepatogenní
Příležitostné patogeny a patogeny:
Penicillium sp. - skupina mikroskopických vláknitých hub, které se vyskytují na povrchu živých i odumřelých organismů; jsou velmi obvyklými saprofyty rozšířenými po celém světě; jejich ubikvitární rozšíření jim umožnilo adaptaci na jakékoliv substráty; za patogenní jsou považovány jen některé druhy
Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens- patří mezi gramnegativní aerobní tyčky; nejčastěji se vyskytují v odpadních vodách, půdách; řadí se mezi příležitostné patogeny, neboť ohroženi jsou spíše novorozenci a imunodeficientní pacienti, u zdravého člověka dochází ke kolonizaci, ale nedojde k rozvoji onemocnění
Aspergillus sp. - skupina mikroskopických vláknitých hub, které jsou celosvětově rozšířeny; převážná část se jich vyskytuje v půdě, na rostlinných a živočišných zbytcích, na nichž saprofytují; některé druhy mohou být patogenní
Streptococcus sp. tvoří skupinu grampozitivních koků; většina druhů v rodu je považována za příležitostné patogeny; jsou součástí přirozené flóry v dutině ústní, horních cestách dýchacích a jsou přítomny v zažívacím traktu
Enterococcus faecium - je skupina pohyblivých gramnegativních tyček, které se vyskytují v půdě, vodě a někdy také v zažívacím traktu; jsou považovány za příležitostné patogeny, neboť ojediněle mohou způsobit infekci močových cest
Klebsiella ozaenae - patří do skupiny nepohyblivých gramnegativních tyčinek; vyskytují se v zažívacím traktu, dýchacích cestách, v půdě a vodě; jsou považovány za podmíněné patogeny a onemocnění způsobují zejména u imunokomprimovaných jedinců
Corynebacterium sp. - skupina grampozitivních až gramlabilních tyčinek s typickým kyjovitým tvarem; nejčastěji se vyskytují na rostlinách, tělech živočichů, v dýchací soustavě a trávicím traktu; některé druhy mohou být patogenní
Candida albicans - řadí se mezi mikroskopické houby - kvasinky; je nejčastějším původcem povrchových i systémových mykóz; je považována za patogenní druh, neboť má vlastnosti, které umožňují být úspěšným komenzálem i u zdravého hostitele; často se může vyskytovat jako kontaminanty potravin
Hafnia alvei - gramnegativní tyčka, izolována nejčastěji z půdy a vody
Aloicoccus otilis - grampozitivní kok, potenciální patogen
Moraxella caprae - je gramnegativní tyčka s nízkou patogenitou
Gemella sp. - skupina grampozitivních koků, vyskytující se nejčastěji na sliznicích lidí a zvířat, kolonizují horní cesty dýchací a trávicí trakt; podmíněně patogenní